Hakimiyyətlərinin ilk mərhələsində Hülakülərin xristian dininə üstünlük vermələri Azərbaycanda bu siyasətə qarşı çıxan gizli sufi təriqətlərinin yaranmasına səbəb olmuşdu. Belə təriqətlərdən biri də XIII əsrdə Şeyx Səfiyəddinin başçılığı ilə Ərdəbildə yaranmışdı. Azərbaycana etdiyi sonuncu yürüş zamanı Əmir Teymur Şeyx Səfinin məqbərəsini ziyarət etmiş, abadlaşdırdığı Beyləqan şəhərinin gəlirini, habelə Ərdəbil şəhərini vəqf olaraq Şeyx Səfinin varislərinə vermişdi. Artıq XIV əsrin ortalarında, demək olar ki, bütün Ərdəbil əhalisi Şeyx Səfiyədinin müridi hesab olunurdu. Şeyx Səfiyəddin sünni olsa da, onun varisləri özündə daha çox qədim TÜRK inanclarını ehtiva edən qızılbaşlıq ideologiyasına üstünlük verməyə başladılar. Sünnilik doktrinasına uyğun olmayan, lakin islam pərdəsinə bürünən bütün dini-fəlsəfi ideologiyalar (asassinlər, nizarilər, ismaililər və s.) kimi qızılbaşlıq da sonralar şiə təriqəti hesab olunmağa başladı.Əslində isə qızılbaşlıq öz ideoloji qaynaqlarını xürrəmilikdən və hürufilikdən götürmüşdü. Belə ki, hər bir etnos yeni qəbul etdiyi dini daha çox öz ənənələrinə uyğunlaşdırmağa çalışır. Bəzi mənbələrdə iddia edildiyi kimi Babək heç də tamamilə islam dinini rədd etmirdi. Məsələn, ərəb tarixçisi əl-Bağdadi xürrəmilərin Bəzz qalasında öz məscidlərinin olmasını, lakin «islam ehkamlarını xürrəmcəsinə izah etmələrini» xüsusi qeyd edirdi. İslam dinini Azərbaycan türkünün ənənələrinə uyğunlaşdırmağın ikinci cəhdi hürufiliyin, üçüncü cəhdi isə qızılbaşlığın yaranmasına gətirib çıxartdı. Çin mənbələrində Alo şan adlandırılan, qədim türklərin tapındıqları yol və savaş tanrısı qızılbaşlıqda öz əksini islam müqəddəslərindən olan Həzrəti Əlinin simasında tapdı (indi də Borçalı türklərinin ən böyük andlarından biri «getdiyimiz Alı yolu haqqı»dır). Qızılbaşlığı bütün Azərbaycana yaymaq cəhdlərinin ilk mərhələsi uğursuzluqla nəticələndi. Səfəvi şeyxi Güneyd 1460-cı ildə Samur çayı sahilində Şirvanşah I Xəlilullahın orduları tərəfindən qətlə yetirildi. Şeyx Cüneydin oğlu Şeyx Heydər dayısı Ağqoyunlu Həsən Padşahın Dəspinə Xatundan (Teodora) olan qızı Aləmşah bəyimlə (Marta) ilə evləndi. 1470-ci ildə Təbrizdən Ərdəbilə gələn Həsən Padşah Şeyx Heydəri Səfəvi təriqətinin başçısı təyin etdi. Şeyx Heydər 1488-ci ildə Şahdağın ətəyində Şirvanşah Fərrux Yassarın orduları tərəfindən məğlub edilərək öldürüldü. Ağqoyunlu hökmdarı Sultan Yaqub Şeyx Heydərin oğlanları Sultanəlini, İbrahimi və 2 yaşlı İsmayılı anaları Aləmşah bəyimlə birlikdə Van gölündəki adada yerləşən qalada ( bəzi mənbələrdə isə Şiraz yaxınlığındakı İstəxr qalasında) dustaq etdi. 1482-ci ildə Ağqoyunlu Rüstəm Mirzə öz rəqibi Bəysunqura qarşı mübarizədə Azərbaycan türkləri içərisində böyük nüfuza malik olan qızılbaşlardan istifadə etmək üçün onları azad etdi. 1493-cü ilin yazında Sultanəlinin başçılıq etdiyi qızılbaşlar və Rüstəm Mirzənin qoşunları Əhər yaxınlığında Bəysunquru məğlub etdilər. Bundan sonra Səfəvilərin güclənməsindən qorxan Rüstəm Mirzə 1494-cü ildə Ərdəbil yaxınlığında Şəməsi deyilən yerdə Sultanəlini qətlə yetirtdi. Bu faciədən xeyli əvvəl Sultanəli öz kiçik qardaşı İsmayılı Səfəviyyə təriqətinin başçısı (mürşidi) təyin etmişdi. Qızılbaş müridlər İsmayılı Biyəpiş hakimi Mirzə Əlinin sarayında gizlədilər. Tədbirli Mirzə Əli İsmayılı səbətə qoyub ağacdan asdı və onu təqib edən Rüstəm Mirzənin adamlarını inandırmaq üçün Qurana and içdi ki, İsmayıl onun torpalarında deyil. 1499-cu ildə İsmayıl Ərdəbilə, sonra isə qızılbaş müridlərinin daha çox olduğu Ərzincana getdi. O, ilk növbədə qızılbaşların daha çox nifrət etdikləri Şirvanşaha zərbə vurmağı qərara aldı. Şəraiti düzgün dərk edən İsmayıl başa düşürdü ki, Təbrizə hərəkət etsə eyni vaxtda üç rəqiblə – Ağqoyunlular Əlvənd Mirzə və Sultan Muradla və onları müdafiə edən Şirvanşah Fərrux Yasarla toqquşmalı olacaq. 1500-cü ilin payızında Şamaxını tutan İsmayıl Gülüstan qalası yaxınlığındakı Cəbanı adlı yerdə Fərrux Yassarı məğlub edərək öldürdü. 1501-ci ilin yazında Bakıya hücum başladı. Şəhərin qala divarları altından lağım atan qızılbaşlar şəhəri tutub, Şirvanşahın xəzinəsini ələ keçırdilər. Ağqoyunlu Əlvənd Mirzənin Təbrizdən qoşunla qızılbaşlar üzərinə yeriməsi xəbərini alan İsmayıl, Gülustan qalasını ələ keçirməyi daha mühüm hesab edən müridlərindən "Siz Azərbaycan taxtını, yoxsa Gülüstan qalasını istəyirsiniz?" deyə soruşduqda onlar "Azərbaycanı istəyirik!" – cavabını verdilər. 1501-ci ilin ortalarında Şərur düzündəki döyüşdə Əlvənd Mirzəni məğlub edən İsmayıl Təbrizə daxil olaraq özünü şah elan etdi və Səfəvilər dövlətinin əsasını qoydu. Dövlətin əsas ərazisini Azərbaycan torpaqları, əhalisinin böyük hissəsini Azərbaycan türkləri təşkil edirdi. Ordu qızılbaş türk soylarından ibarət idi. Hərbi komandanlıq, maliyyə idarələri, vilayətlərin idarəçiliyi və şah sarayında bütün vəzifələr Azərbaycan türklərinin əlində idi. Dövlət işlərində, sarayda, qoşunda və qismən diplomatik yarışmalarda Azərbaycan türk dili işlənirdi. 1501-ci ildə baş vermiş Şərur döyüşündən sonra Ağqoyunluların birinci qoluna son qoyulsa da, Ağqoyunlu dövlətinin digər qolunun başçısı Sultan Murad Səfəvilər üçün təhlükəli rəqib olaraq qalırdı. Şah İsmayılın kömək üçün Borçalı türklərinə, Kartli, Kaxet və Üç qala hakimlərinə müracəti cavabsız qalmadı. 16 minlik qızılbaş ordusunun 9 mini borçalılardan ibarət idi. 1503-cü ildə Həmədan yaxınlığındakı Alma Bulağı adlı yerdə Sultan Muradın ordusunu darmadağın edən I Şah İsmayıl Şirazı tutdu. Bu qələbədən sonra Ağqoyunlu dövlətinin ikinci qoluna son qoyuldu. Şah İsmayıl Qum, Kaşan, İsfahanı, 1504-cü ildə Yəzd və Kirmanı, 1508-1510-cu illərdə Xorasan istisna olmaqla bütün indiki İran ərazisini tutdu, İrəvan, Bağdad şəhəri də daxil olmaqla indiki İraq ərazisini Azərbaycan Səfəvilər dövlətinin tərkibinə qatdı. Səfəvilər dövləti şərqdə Şeybani xanın Özbək dövləti, qərbdə isə Osmanlı imperiyası ilə həmsərhəd oldu. Şah İsmayılla Şeybani xan arasında əsas mübarizə iqtisadi və strateji əhəmiyyəti olan Xorasan uğrunda gedirdi. 1507-1508-ci illərdə Səfəvilərin Azərbaycanın qərbində hərbi əməliyyatlar aparmasından istifadə edən Şeybani xan Xorasanı tutmuşdu. Şah İsmayıl Xorasana hərəkət edəndə Şeybani xan Heratdan Mərvə çəkilərək uzunmüddətli müdafiəyə hazırlaşdı. Şah İsmayıl hərbi hiylə işlədərək Şeybani xanı Mərv qalasından çıxarmaq üçün geri çəkildi. Bu zaman şahın həqiqətən geri çəkildiyini guman edən Şeybani xan Səfəviləri təqib etdi. 1510-cu ilin dekabrın 1-də Mərv yaxınlığında baş vermiş döyüşdə özbəklər məğlub edildilər və Şeybani xan öldürüldü. Mərv döyüşündən sonra Herat, Mərv, Bəlx şəhərləri də daxil olmaqla, Xorasan Səfəvilərin əlinə keçdi. Beləliklə, Fərat çayından Amudərya çayınadək geniş ərazi Şah İsmayılın hakimiyyəti altına keçdi. Böyük bir imperiyaya çevrilən Səfəvi dövləti Yaxın Şərqin hərbi-siyasi həyatında mühüm rol oynamağa başladı. Şah İsmayılın başının Özbək xanı Şeybani ilə müharibəyə qarışmasından istifadə edən Kartli və Kaxet hakimləri bir-birlərilə didişməyə başladılar. Kartli hakimi David bu mübarizədə qalib çıxaraq Kaxet hakimi Av-Georgini əsir tutdu. Şeybani xana qalib gələn Şah İsmayıl Tiflisə gəldi. O, Davidi Kartliyə, Leon adlı birisini isə Kaxetə hakim təyin etdi. Şah İsmayıla qarşı mübarizəyə başlamağa cəsarət etməyən Osmanlı sultanı II Bəyazid 1504-cü ildə Səfəvilər dövlətini rəsmən tanımışdı. Borçalıdan qərbə doğru hərəkət edən Şah İsmayıl 1512-ci ildə Kiçik Asiyada Malatya və Qarahisarı tutdu. Səfəvi sərkərdəsi Məhəmmədxan Ustaclı isə Diyarbəkri ələ keçirdi. 1512-ci ildə taxta çıxan Sultan I Səlim (1512-1520) onu hökmdar kimi tanımayan Şah İsmayıla qarşı müharibəyə hazırlıq görməyə başladı. O, qərb tərəfdən olacaq hücumları neytrallaşdırmaq üçün Macarıstan, Venesiya, habelə Moskva knyazlığı ilə sülh müqavilələri bağlayıb, bütün qüvvələrini Səfəvilərə qarşı yeritdi. Digər tərəfdən Roma papası Avropa hökmdarlarına məktubda Şah İsmayılı Türkiyəyə qarşı "Allahın xristian dünyası üçün yaratdığı bir fürsət" hesab edirdi. 1507-1508-ci illərdə Roma papası, Venesiya, Neapol krallığı, Kipr və Rodosla Səfəvilər arasında əlaqə yaradıldı. 1510-cü ildə Səfəvi diplomatı Əli bəy İtaliyaya getdi. Aralıq dənizi vasitəsi ilə Qərbdən odlu silah almağın baş tutmayacağını duyan şah bəzi tədbirlərə əl atdı. İran körfəzi və Hind okeanı vasitəsi ilə avropalılardan odlu silah almağa çalışan Şah İsmayıl öz məqsədinə çatmaq üçün Portuqaliyanın İran körfəzində möhkəmlənməsinə mane olmadı. Şahın bu səhvindən istifadə edən portuqaliyalılar 1515-ci ildə Hörmüzü ələ keçirib, Səfəvilərin Hind okeanına çıxış yolunu bağladılar. Şah İsmayılın bu səhvini yalnız 100 ildən sonra nəvəsi I Şah Abbas aradan qaldırdı və 1620-ci ildə portuqaliyalıları Hörmüzdən vurub çıxartdı. 1514-cü ilin yazında I Sultan Səlimin Ədirnə şəhərində çağırdığı divanda qızılbaşlarla müharibə müqəddəs vəzifə elan edildi.Yüz min nəfərlik qoşun toplayan Sultan Səlim Osmanlı-Səfəvi sərhəddini keçərək Ərzincana daxil oldu. Sərkərdələri Məhəmməd xan Ustaclı və Nurəli Xəlifə Rumlunun Osmanlılar üzlərinə gecə hücumu təşkil etmək təklifini Şah İsmayıl «Mən karvanbasan quldur deyiləm» deyərək, rədd etdi. 1514-cü il avqustun 23-də Maku yaxınlığındakı Çaldıran düzündə döyüş baş verdi. Şah İsmayıl Osmanlı sərkərdəsi Malçuqoğlu ilə təkbətək döyüşdə qalib gələrək, onu ikiyə şaqqaladı. Lakin Osmanlı topları Səfəvi atlılarını biçib-tökməyə başladı. Təbrizi işğal etsə də, Sultan Səlim qorxusundan burada çox qala bilmədi.O, geri çəkilərkən Təbrizdən bir neçə min sənətkar ailəsini İstanbula apardı. Çaldıran və ondan iki il sonra olmuş Qoçhisar döyüşlərində məğlub olan Səfəvilər Ərzincan, Ərzurum, Kərkük və Diyarbəkri itirdilər. Şah İsmayılın məğlub olmasını eşidən Kartli hakimi fürsətdən istifadə edərək, Kaxet üzərinə hücum təşkil etdi. Şah İsmayıl tərəfindən Kaxetin hakimi təyin edilmiş Leon borçalıların köməyilə xəyanətkarı geri oturtdu. David tələm-tələsik Osmanlı sultanının yanına elçilər göndərərək kömək istədi. Davidin Osmanlı ilə əlaqə yaratmasına mane olmaq üçün Borçalıda qərargah quran Şah İsmayıl, 1520-ci ildə öz sərkərdələri Qərənfil və İlyas bəyi azsaylı hərbi dəstə ilə Teletdə sığınacaq tapan Davidə qarşı göndərdi. İlk toqquşmada qızılbaşlar geri çəkilsələr də, Şah İsmayılın özünün başçılığı ilə gələn ordu xəyanətkar Davidi geri oturtdu. Tiflisə daxil olan Şah İsmayıl Avlabar körpüsünün yanında yeni məscid inşa etdirdi. Borçalıdan qayıdan Şah İsmayıl 1524-cü ildə 37 yaşında vəfat etdi.